Menntaskólinn í Kópavogi starfar skv. lögum nr. 92/2008 um framhaldsskóla undir yfirstjórn menntamálaráðherra. Skipulag yfirstjórnar skólans er skv. 3. og 6. grein laga um framhaldsskóla og er skilgreint í skólasamningi menntamálaráðuneytis og Menntaskólans í Kópavogi.
Skólameistari veitir skólanum forstöðu. Hann stjórnar daglegum rekstri og starfi Menntaskólans í Kópavogi og gætir þess að skólastarfið sé í samræmi við lög, reglugerðir, aðalnámskrá og önnur gildandi fyrirmæli á hverjum tíma. Hann ber ábyrgð á að fylgt sé fjárhagsáætlun skólans og hefur frumkvæði að gerð skólanámskrár og umbótastarfi innan skólans. Skólameistari skipar staðgengill sinn. Yfirstjórn skólans skipa: Skólameistari, aðstoðarskólameistari, áfangastjóri, skrifstofustjóri og framkvæmdarstjóri Hótel og matvælaskóla Íslands. Stjórn skólans skiptir með sér verkum sbr. skipurit skólans, STE-005.
Stjórnendur ásamt kennslustjóra skipa framkvæmdastjórn skólans; en framkvæmdastjórn ásamt gæðastjóra skipa gæðaráð skólans. Framkvæmdastjórn fundar vikulega um einstök málefni skólans og vilja með því tryggja að stjórnun og stjórnunarákvarðanir verði markvissar og gagnsæjar. Stjórnendur Menntaskólans í Kópavogi vilja í öllu sínu starfi stefna að góðum og nútíma stjórnunarháttum. Þeir leitast við að hafa samráð við starfsfólk um málefni vinnustaðarins og beita sér fyrir virku upplýsingastreymi. Ábyrgð og vald stjórnenda gagnvart starfsmönnum skal vera vel skilgreint og starfsmönnum ljóst.
Menntamálaráðherra skiptar skólanefnd við skólann til fjögurra ára í senn. Skólameistari er framkvæmdastjóri nefndarinnar. Skólanefnd markar áherslur í starfi skólans og er skólameistara til samráðs í samræmi við 5.gr. laga 92/2008.
Skólaráð skal vera skólameistara til samráðs og aðstoðar. Skólameistari er oddviti skólaráðs sem auk hans skal skipað fulltrúum kennara og nemenda, svo og aðstoðarskólameistra og áfangastjóra í samræmi við 7.gr. laga 92/2008.